南宋年间，有一座繁华却又暗藏危机的城镇——清平镇。原本这里百姓安居乐业，市井热闹非凡，可不知从何时起，一场可怕的瘟疫悄然降临。
起初，只是有几个人出现了发热、咳嗽的症状，大家都没太在意，只当是普通的伤风感冒。然而，没过几天，染病的人越来越多，症状也越来越严重，不少人开始高烧不退、浑身乏力，甚至昏迷不醒。整个清平镇笼罩在一片恐惧之中，街道上冷冷清清，店铺纷纷关门，人们都躲在家里，不敢出门。
镇上的大夫们使出了浑身解数，各种汤药灌下去，却丝毫不见病情好转。就在大家绝望之际，一个疯疯癫癫、衣衫褴褛的和尚摇着破蒲扇走进了清平镇。他正是济公。
济公看着死气沉沉的街道和满脸愁容的百姓，心中已明白了七八分。他大摇大摆地走进一家茶馆，店里冷冷清清，只有掌柜的一个人坐在柜台后面唉声叹气。济公也不客气，一屁股坐在椅子上，大声喊道：“掌柜的，来碗茶！”
掌柜的抬起头，看到济公这副模样，皱了皱眉头，但还是起身给他倒了一碗茶。济公端起茶碗，咕咚咕咚一饮而尽，然后抹了抹嘴，问道：“掌柜的，这镇上怎么如此冷清，莫不是出了什么事？”
掌柜的叹了口气，说：“大师有所不知，我们镇上闹瘟疫了，死了不少人，大家都害怕被传染，都不敢出门了。”济公听了，微微一笑，说：“掌柜的莫要担心，贫僧自有办法治好这瘟疫。”
掌柜的听了，以为济公是在说大话，不屑地说：“大师，你就别吹牛了，镇上的大夫都治不好，你能有什么办法？”济公也不恼，笑着说：“你只管给贫僧找些艾草、苍术来，贫僧今晚就做法驱瘟。”
掌柜的虽然半信半疑，但看到济公那自信的样子，还是照做了。他让人找来了艾草和苍术，交给济公。
夜幕降临，济公来到镇上城隍庙的殿顶，他把艾草和苍术点燃，顿时，空中烟雾缭绕。济公盘腿坐在瓦上，闭上眼睛，口中念念有词。突然，一阵狂风刮起，瓦片被吹得啪啪作响，一个面目狰狞的瘟神出现在了屋顶。
瘟神看到济公，冷笑一声，说：“你这疯和尚，敢来管我的闲事，不想活了吗？”济公睁开眼睛，笑着说：“你这瘟神，不在天上好好待着，跑到人间来作恶，贫僧今日就要替天行道，收了你。”
瘟神听了，勃然大怒，他双手一挥，一道道黑色的烟雾朝着济公扑来。济公却不慌不忙，他拿起破蒲扇，轻轻一扇，那黑色的烟雾就被吹散了。瘟神见一招不成，又施展起法术，只见他口中念念有词，屋顶上突然冒出了许多毒虫，张牙舞爪地朝着济公爬去。
济公哈哈一笑，说：“就这点小把戏，也敢在贫僧面前献丑。”说着，他从怀里掏出一个葫芦，打开盖子，念了几句咒语，葫芦里立刻射出一股金色的光芒。那金色的光芒所到之处，毒虫纷纷化为灰烬。
瘟神见自己的法术都被济公破解了，心中有些害怕，但他又不甘心就这样认输。他咬了咬牙，使出了自己的绝招——瘟疫风暴。只见一股巨大的黑色风暴朝着济公席卷而来，风暴中夹杂着各种病菌和毒气，所到之处，瓦片纷飞，大树枯萎。
济公神色凝重，他知道这瘟疫风暴的厉害。他深吸一口气，跳起施展佛门神通。只见他身上散发出一层金色的佛光，那佛光越来越亮，形成了一个巨大的保护罩，将济公紧紧地护在其中。瘟疫风暴撞在保护罩上，发出阵阵轰鸣声，但却无法突破保护罩的防御。
济公看准时机，他大喝一声，手中的破蒲扇变成了一把巨大的宝剑。他挥舞着宝剑，朝着瘟神飞了过去。瘟神想要躲避，但已经来不及了。济公的宝剑划过一道金色的弧线，砍在了瘟神的身上。瘟神发出一声惨叫，身体渐渐变得透明起来。
济公走到瘟神面前，严肃地说：“你这瘟神，本应调节人间健康，却为了一己私欲，在人间散播瘟疫，造成无数百姓死亡。今日贫僧就罚你在这清平镇守护百年，为百姓驱邪避灾，将功补过。”
瘟神听了，无奈地点了点头，说：“大师，我知道错了，我愿意接受惩罚。”说完，瘟神化作一道青烟，消失在了空气中。
第二天一早，掌柜发现济公又来喝茶。掌柜惊讶地问：“大师，昨晚发生了什么事？我好像听到镇上有很大的动静。”济公笑着说：“掌柜的，瘟神已经被贫僧收服了，以后这清平镇不会再有瘟疫了。”
掌柜的听了，半信半疑。但没过多久，奇迹出现了。那些染病的人病情开始逐渐好转，没过几天，就都康复了。清平镇又恢复了往日的热闹和繁华，人们纷纷走出家门，庆祝这场瘟疫的结束。
大家得知是济公治好了瘟疫，都对他感激不已。他们修缮了城隍庙，并在里面，也供奉济公的神像，希望他能永远保佑清平镇的百姓平安健康。而济公巧治瘟神的故事，也在民间流传了下来，成为了人们口中传颂的佳话。